A UNIRIO oferece cursos de pós-graduação stricto sensu (mestrados acadêmicos, mestrados profissionais e doutorados) e cursos de pós-graduação lato sensu (especialização). São eles:

Programas de Pós-Graduação stricto sensu (Mestrado e Doutorado)

- Alimentos e Nutrição – Mestrado e Doutorado

- Artes Cênicas – Mestrado e Doutorado

- Biologia Molecular e Celular – Mestrado

- Biblioteconomia – Mestrado Profissional

- Ciência Política – Mestrado 

- Ciências Biológicas (Biodiversidade Neotropical) – Mestrado

- Direito – Mestrado

- Ecoturismo e Conservação – Mestrado

- Educação – Mestrado e Doutorado

- Enfermagem – Mestrado

- Enfermagem e Biociências – Doutorado

- Ensino de Artes Cênicas – Mestrado Profissional

- Ensino de Física - Mestrado Profissional

- Ensino de História - Mestrado Profissional

- Ensino das Práticas Musicais – Mestrado Profissional

- Gestão de Documentos e Arquivos – Mestrado Profissional

- História – Mestrado e Doutorado

- Infecção HIV/Aids e Hepatites Virais – Mestrado Profissional

- Informática – Mestrado e Doutorado

- Matemática – Mestrado Profissional (em coparceria como a Sociedade Brasileira de Matemática)

- Medicina – Mestrado Profissional

- Memória Social – Mestrado e Doutorado

- Museologia e Patrimônio – Mestrado e Doutorado

- Música – Mestrado e Doutorado

- Neurologia – Mestrado e Doutorado

- Saúde e Tecnologia no Espaço Hospitalar – Mestrado Profissional

- Segurança Alimentar e Nutricional – Mestrado Profissional