Fazem parte do Sistema de Bibliotecas da UNIRIO as seguintes bibliotecas setoriais:
- Biblioteca Setorial do Centro de Ciências Biológicas e da Saúde ( CCBS)
- Biblioteca da Escola de Enfermagem ( CCBS/BE)
- Biblioteca da Escola de Medicina e Cirurgia ( CCBS/BM)
- Biblioteca do Instituto Biomédico ( CCBS/IB)
- Biblioteca Setorial do Centro de Ciências Humanas ( CCH)
- Biblioteca Setorial do Centro de Letras e Artes ( CLA)
- Biblioteca Setorial do Centro de Ciências Exatas e Tecnologia ( CCET) - em fase de implementação.
- Biblioteca Setorial do Centro de Ciências Jurídicas e Políticas ( CCJP) - em fase de implementação.