A AUDIN têm por princípio, orientar as áreas envoltas à Administração através do suporte técnico, objetivando a boa e regular utilização dos recursos públicos sob a guarda desta Universidade. Para tanto, este órgão mantém uma relação harmônica, equilibrada e transparente com os diversos órgãos que compõem a Administração, com os Conselhos Superiores dando –lhes orientação técnica para a apreciação das contas e aos órgãos externos quando dos seus questionamentos.

Visando atender a sistemática das Contas Públicas no que tange a legalidade e a legitimidade dos atos e fatos da Administração desta Universidade, a AUDIN objetiva desenvolver trabalhos de auditoria em diversas áreas desta Universidade, em especial as de material, patrimonial, operacional, compras e recursos humanos, de forma a dar subsídios para a apreciação da Administração desta Universidade com transparência .

Em conformidade com o Estatuto UNIRIO, a Auditoria Interna é órgão de assessoramento direto ao Reitor. Com o sancionamento do Decreto N.º 3.591 de 06/set/00 e suas alterações, a Auditoria Interna permaneceu vinculada ao Reitor, porém sujeitando-se à orientação normativa e à supervisão técnica do Órgão Central e dos órgãos setoriais do Sistema de Controle Interno do Poder Executivo Federal, representado no Estado do Rio de Janeiro pela CGU-Corregedoria Geral da União/RJ.